Dopo un'adeguata formazione degli studenti e dei loro insegnanti, sono cinque le fasi di lavoro che il protocollo prevede per le scuole che aderiscono al progetto. Tutte le fasi sono dettagliatamente descritte nel Protocollo messo a disposizione delle scuole, disponibile in italiano e inglese.
FASE 1: scelta e caratterizzazione del sito di campionamento
FASE 2: prelievo dei campioni
FASE 3: microfiltrazione dei campioni prelevati su membrana a porosità 0,47 micron, con semplice apparecchiatura da campo o da laboratorio
FASE 4: osservazione al microscopio del materiale trattenuto dal filtro, classificazione degli oggetti identificati come microplastiche anche mediante uso di una chiave dicotomica messa a punto allo scopo, registrazione delle immagini e delle osservazioni
FASE 5: caricamento dei dati in una cartella personalizzata per ogni scuola; la cartella è ospitata nel cloudstore (un magazzino nella nuvola virtuale) della Deakin University di Geelong, stato di Vittoria, Australia. I dati vengono validati dai ricercatori della Deakin University ed entrano a far parte di una banca dati internazionale.